여행을 계속 하고 있는 지우와 친구들. 

근처의 포켓몬센터를 향해 숲을 걷던 중, 돌 사이에 끼인이상한 차림의 간호순과 만나게 된다. 

그런데 이 간호순은 플라타느박사를 동경하여 메가진화의 연구를 하고 있다고 한다. 

간호순에게 안내를 받아 포켓몬센터에 도착하게 되는데… 

어? 포켓몬센터에 들어갈 수 없다고!?

칼로스리그에 도전하기 위해 마지막 체육관이 있는 이설시티로 여행을 계속하고 있는 지우와 친구들. 

그러던 어느 날, 한 마리의 레오꼬가 화염레오 무리들로부터 벗어나 독립하는 모습을 보게 된다. 

작지만 훌륭한 화염레오가 되기 위해 열심히 노력하는 레오꼬의 모습을 보고 

감동하는 지우와 친구들. 그런데, 그런 레오꼬를 바라보는 어두운 그림자가 있었는데… 

여행을 계속하고 있는 지우와 친구들은 어느 숲 속에서 야영을 하게 되었다. 

한 밤중에 피카츄와 나옹이 잠에서 깨어보니 그 곳에는 진화한 포켓몬과 진화 전의 지우 일행의 포켓몬이 있었다! 

심지어 나옹과 같이 사람의 언어로 이야기 하고 있었다! 

영문을 모른 채 어리둥절해 하는 피카츄와 나옹. 

그런데 그 때,말랑이가 나타나 도와주겠다며 말을 하는데…

이설시티를 향해 여행을 계속하고 있는 지우와 침구들은 삼평과 개굴닌자를 다시 만났다.

삼평은 닌자마을에서 열리는 축제에 초대한다고 했다. 

처음으로 방문하는 닌자마을에서 삼평의 형인 일평과 이평, 

그리고 닌자마을 사람들을 만난 지우 일행. 

그런데 갑자기, 의문의 닌자군단이 닌자마을을 습격하여 닌자마을의 두령이 납치 당하는데…

납치된 두령을 구하기 위해 의문의 닌자군단을 쫓는 지우와 삼평 일행. 

적의 보스인 영우는 삼평의 형인 일평과 

일대일 승부를 하고자 지우 일행 앞에 자객을 보내온다. 

치열한 배틀을 하던 중, 지우의 개굴반장에게 변화가… 

그리고 지우의 몸에도 신기한 현상이…!!

세레나가 또다시 트라이포카론에 도전한다! 

이번 무대부터는 이브이도 참가하여, 연기실력도 늘었는데! 

하지만 정작 주인공인 이브이는 첫 무대를 앞두고 조금은 긴장한 듯한 모습. 

세레나는 테르나, 판짱과 함께 이브이를 격려해주어, 팀원들의 결속력은 한 층 더 단단해지는데... 

그리고 무대에 오르는 날, 이브이는 과연 첫 무대에서 첫 승리를 할 수 있을까!?

이설시티로 향하는 도중, 끝의 동굴에 들르게 된 지우와 친구들. 

동굴로 들어가서보니 말랑이가 어디론가 사라져버렸다! 

당황하여 말랑이를 찾는 지우와 친구들. 

동굴 내부에서 말랑이를 찾아다녔지만, 말랑이를 아예 잃어버린 것 같다!! 

그때 갑자기, 플레어단이 나타나 말랑이가 사라진 주변을 공격하기 시작하는데…

플레어단의 습격을 겨우 물리친 지우와 친구들. 

유리카는 배틀 도중에 행방불명이 된 “아이”에 대한 걱정으로 안절부절인 듯한데… 

다 함께 끝의 동굴 주변을 찾아보지만, 

실수로 독개굴을 화나게 하여, 파르빗이 부상을 당했다! 

게다가 파르빗의 부상을 자신의 잘못이라 생각한 유리카가 보여준 행동은!?

지우와 친구들이 한 숲 근처에서 휴식을 취하는 가운데, 

그곳에 음뱃의 비명이!? 

하늘을 날고 있던 음뱃이 야생의 버섯모와 부딪혀, 버섯모를 화나게 만든 것 같다. 

버섯모에게 독 공격을 받은 음뱃, 그런 음뱃을 구한 것은 지나가던 플라엣테였다. 

하지만 어쩐지 플라엣테의 행동이 버섯모를 더 화나게 만든 것 같은데?

3번째 프린세스 키를 얻기 위해, 열심히 연습하는 세레나. 

그 때, 포켓몬 퍼포머를 대상으로 한 댄스파티의 초대장이 도착한다. 

퍼포머, 포켓몬과 함께 남녀가 한 팀이 되어 참가하는 

이 파티에, 세레나와 이브이, 시트론, 파르빗이 참가하기로 한다. 

그 때 지우와 한 팀을 이루려는 밀피유가 등장하는데!?

여행 도중, 승태와 다시 만나 배틀하게 되는데. 

승태와의 배틀이 한창인 가운데, 또다시 지우의 개굴닌자 모습이 변했다! 

이 현상은 도대체 무엇일까? 무엇이 원인인지 궁금한 지우와 친구들. 

이튿날 아침, 포켓몬센터에서 휴식을 취하는 지우와 친구들을 로켓단이 습격한다! 

위기에 빠진 피카츄를 구한 것은 바로…!?

지우와 친구들을 노리는 로켓단. 

우연히 로켓단은 칼로스지방에서 비밀리에 활동하던 플레어단과 마주치게 된다. 

로켓단이 플레어단의 정보를 수집하는 도중 말랑이와 똑같이 생긴 기이한 생명체와 만나게 된다. 

곧바로 포획하여 보스인 비주기에게 보내기 위해 계획을 짜지만, 그때 플레어단이 습격한다. 

그곳에 누군가가 나타나는데. 갑자기 등장한 의외의 인물은!?

여행 도중, 황야에서 식물을 기르기 위해 움직이는 로봇을 발견한 지우와 친구들. 

사실 이 땅은 먼 옛날 녹음이 가득한 땅이었지만, 

언젠가부터 물부족으로 인해, 더 이상 식물이 자라지 않게 되었다고 한다. 

로봇을 도와주기 위해 시트론의 발명품과 

포켓몬들의 능력을 사용하여 황야에 녹지를 되찾기 위해 노력하지만 과연…?

세레나는 마지막 하나의 프린세스 키를 얻기 위해, 

지우와 친구들과 함께 루키클래스가 열리는 플레이시티에 도착한다. 

그러나 이 대회에는, 플레이시티의 명문가 출신 유력 퍼포머, 아멜리아도 참가한다. 

강력한 라이벌의 등장에 불안한 듯한 세레나. 

그리고 대회장에는, 전 칼로스퀸의 유명 프로듀서, 아젤리아가 나타나는데…?

여행 도중, 전설의 포켓몬, 썬더를 기리는 축제가 열리는 우레마을을 방문하기로 한 지우와 친구들. 

그러나 갑자기 큰 천둥이 울린다! 

허둥지둥 근처 동굴로 몸을 피한 지우와 친구들은 그곳에서 부상 당한 구급대원과 만난다. 

부상을 입은 구급대원을 대신하여, 마을 병원의 아이들에게 약을 전달하기로 한 지우. 

그러나 동굴을 빠져나오니 화가 난 썬더의 모습이!?

여행 도중 들른 마을에서, 세계 보석전이 개최 중인 것을 알게 된 지우와 친구들. 

곧바로 그곳을 향하려는데, 갑자기 경보가 울린다! 

보석전에 도둑 괴도너클이 나타난 것이다! 

하지만 너클은 정작 보석은 훔치지 않은 채 그대로 사라지는데. 

너클의 목적을 알 수 없어 수상히 여기는 지우와 친구들. 

거기에 갑자기 유리카를 습격해오는 의문의 그림자는!?

드디어 마스터클래스 당일을 맞이한 세레나! 

사나, 밀피유, 내내, 그리고 로사비까지! 선의의 경쟁을 펼쳤던 라이벌들이 모두 모였다! 

결승에서는 세레나가 줄곧 동경해 온 칼로스퀸, 엘르가 기다리고 있는데… 

엘르에게 도전할 수 있는 건 마지막까지 살아 남은 단 한 사람뿐! 

세레나는 그동안 갈고 닦은 기술, 마음, 그 모든 것을 가슴에 품고, 드디어 꿈꿔 온 무대의 문을 연다…!!

불꽃튀는 경쟁을 뚫고 드디어 트라이포카론 마스터클래스 준결승에 진출권을 따낸 세레나, 

상대는 로사비, 그리고 세레나의 친구 사나. 

각인각색의 각자의 최선을 다해 퍼포먼스에 임해 일진일퇴, 

작은 실수도 허락하지 않은 긴박한 스테이지가 전개된다. 

그런데, 퍼포먼스의 마지막에서 착지를 하려고 하는 세레나의 몸에 무슨 일이??

지우와 친구들은 여행 도중에 이어롤을 파트너 포켓몬으로 가지고 있는 여자아이를 만나게 된다. 

그런데 이 여자아이는 유리카의 실부플레가 당황스럽지 않은 모습이었다!? 

이 여자아이는 세계적으로 유명한 로봇 회사의 사장의 외동딸이인데 미래에 파트너를 찾고 있다고 했다! 

시트론이 만든 메카에도 흥미진진해하는데… 둘은 왠지 아주 좋은 느낌인데… 

그런데 유리카는 그 모습이 좋지만은 않은 것 같다??

지우가 감기에 걸리고 말았다. 

세레나가 간병을 하고 시트론과 유리카가 약을 사러 가기로 한다. 

그런데 세레나 앞에 한 명의 트레이너가 나타난다. 

이 트레이너는 피카츄를 아주 좋아하여 최강의 피카츄 트레이너를 목표로 여행을 하고 있다고 한다. 

아픈 지우에게 부담을 주지 않기 위해서 세레나는 과연 어떤 행동을!?

지우와 개굴닌자에게 일어난 이상한 현상을 밝히기 위해 

포켓몬센터에서 배틀을 하면서 시트론의 메카로 분석을 하기로 한다. 

그런데 거기에 다시 알랭과 만나게 된다! 

강적과의 재회에 두근거리는 지우는 그 자리에서 알랭에게 배틀을 제안한다. 

개굴닌자와 리자몽의 작렬하는 배틀이 계속되는 가운데, 

지우의 몸에 이상한 변화가 일어나는데!?

하늘에서 포켓몬이 떨어졌다!? 

지우와 친구들 앞에 하늘에서 하얀 나목령이 떨어진 것이다. 

아무래도 이 나목령은 길을 잃은 것 같은데… 

지우와 친구들은 이 나목령을 친구들이 있는 곳으로 데려다주기로 한다. 

그런데 이 나목령은 사는 곳에서 밖으로 한 번도 나와 본 적이 없는 것 같았다. 

보는 것, 만나는 포켓몬들 모두에 이상하게 크게 놀라는 것이었다. 무사히 친구들과 합류할 수 있을 거라고 생각했는데…?

마지막 배지를 얻기위해, 이설시티로 향하는 지우와 친구들. 

그런 지우와 친구들 앞에 나타난 한 대의 헬리콥터! 

안에서 내린 것은 다름아닌 칼로스지방의 챔피언 카르네! 

가까운미래 칼로스지방에 위기가 다가온다는 예언을 들은 카르네는 

사건의 열쇠가 된다는 지우와 친구들을 만나러 왔다고 하는데...

마지막의 체육관배지를 얻기위해, 이설시티로 향하는 지우와 친구들은 

포켓몬센터에서 승태하고 재회한다. 

지우를 존경하는 승태는 지우를 쫓아가는 마음으로 노력하여, 

이미 모든 배지를 모았다고 한다. 

지우는 승태의 성장을 확인하기 위해, 3대3 포켓몬대결을 하게 되는데...

드디어 이설시티에 도착한 지우와 친구들. 

지우는 칼로스리그 출장을 걸고 마지막의 체육관으로 향한다. 

상대는 얼음타입의 체육관 관장, 우르프! 

강력한 파워와 높은 테크닉을 구사한 대결을 유리하게 이끄는 우르프 앞에 지우는 대고전! 

승리의 열쇠를 가지고 있는 것은...바로 이 포켓몬!!

밤에 혼자 숲으로 모습을 감춘 지우. 

그러나 아침이 되어도 지우는 돌아오지 않고 걱정하는 지우의 친구들. 

거기에 갑자기 큰 돌풍이 불어왔다! 걱정하는 세레나들은 다같이 지우를 찾기로 한다. 

한편, 숲에서 미아가 된 지우의 앞에 같이 모습을 감춘 그 포켓몬이 나타났다... 

숲의 안에서 지우가 찾은 해답은!?

숲에서 포켓몬들하고 교류를 하고, 더욱 성장한 지우. 

방황이 없어진 지우는 다시 한번 이설체육관에 도전한다! 

지금까지 축적한 지식, 경험, 그리고 포켓몬들과 하나로 된 마음으로 전력승부하는 지우. 

그런 지우의 앞에 나타난 것은 최대의 강적, 메가눈설왕이었다. 

과연 배틀의 행방은...?

미르시티로 향하는 도중, 미끄래곤이 사는 습지대에 들르게 된 지우와 친구들. 

재회에 기뻐하는 지우와 친구들.., 하지만 그 곳에 갑작스런 사건이! 

한마리의 멜리시가 습지대에서 날뛰고 있었던 것이다! 

바로 지우와 친구들은 미끄래곤과 습지대의 포켓몬들하고 같이 멜리시를 말리려고 하지만, 

그곳에 로켓단이 나타나고...

지우와 친구는 여행도중에, 기계장치 페스티벌에 들르기로 한다. 

그 곳은 칼로스지방의 기계장치명인들이 제작한 기계장치를 체험할 수 있는 이벤트라 한다. 

안으로 들어가자마자 바로 작동하는 기계장치, 

그러나 지우일행과 피카츄들은 떨어지고 말았다! 

과연 지우들은 무사히 피카츄하고 합류할 수 있을 것인가!?

드디어 맞이한 칼로스리그의 개막! 

리그에 출장하는 사람들은 배지를 8개 모은 강자들뿐. 

그 중에는 승태와 티에르노, 트로바같은 익숙한 트레이너도 있었다. 

지우의 기분도 서서히 올라가는 도중, 지우에게 배틀을 도전한 트레이너가!

뜨거운 시합이 계속되는 칼로스리그, 

준결승진출을 걸고 승태와 티에르노가 격돌! 

댄스로 포켓몬하고 호흡을 맞추면서 싸우는 리듬전법을 특기로 하는 티에르노에 대해서, 

승태는 특유의 분석을 구사하여 대응한다. 

서로 우열을 가리기 힘든 상황! 거기에서 지우와 친구들이 본 것은!?

칼로스리그도 드디어 대단원으로. 준결승부터는 6대6의 풀배틀! 

지우의 상대는 바로 승태! 앞 전의 대결에서 승태에게 패배한 지우였지만, 

그 때보다 강해졌지만, 가벼운 마음으로 대한다. 

한편, 승태도 존경의 대상인 지우와 최고의 무대에서 대결하는 기쁨을 느끼고 있었다. 

지우와 승태의 대결은 초반부터 전력승부!!

일진일퇴의 공방이 계속되는 지우와 승태의 준결승. 

지금까지 몇번 싸운 상대이기 때문에 수준높은 배틀이 전개된다. 

시합을 통해서, 지우와 승태는 서로 지금까지의 노력을 생각해낸다. 

드디어 맞이한 마지막배틀, 

전력승부하는 지우와 승태 드디어 결착!

칼로스리그로 인해 분위기가 뜨거워진 미르시티. 

그러한 도중 사고가 발생! 시트론의 도치마론이 미아가 되어버렸다! 

망연자실한 도치마론 앞에 나타난 것은...? 

칼로스리그 결승이 시작되기 전 각각의 마음이 교착되어 

새로운 만남이 다음의 이야기를 만들어낸다…

드디어 맞이한 칼로스리그 결승전. 

지우의 상대는 지금까지 한번도 이길 수 없었던 알랭. 

더구나, 알랭은 리자몽과 메타그로스만으로 결승전까지 진출했다! 

전력으로 승부하는 지우와 알랭. 

일진일퇴의 공방이 계속되는 가운데, 알랭이 꺼낸 3번째 포켓몬이란!?

격투가 계속되는 지우와 알랭의 칼로스리그 결승전!! 

일진일퇴의 배틀은 경기장 전체를 뜨겁게 하고 있다. 

그리고, 드디어 결착의 순간, 

과연 칼로스리그 우승이라는 영광을 손에 넣는 것은 지우인가? 알랭인가? 

한편, 결승전의 뒷편에서는 플레어단이..?

갑자기 나타난 거대한 식물의 습격으로 인하여, 

미르시티는 괴멸상태로 되어버린다. 

지우와 친구들은 사건의 진상을 알기 위해 프리즘타워로 향하지만, 

플레어단의 기습으로 인해, 지우가 잡혀간다! 

그리고, 플라드리는 전세계를 향해 자신의 야망을 선언한다!

플레어단의 계획을 막기 위해, 시트론들은 개별행동으로 나선다. 

한편, 50%폼이 되어 폭주하는 Z2와 대치중인 말랑이를 쫓는 유리카. 

하지만, 그곳에도 플레어단의 마수가! 

Z2에 이어서 말랑이도 플레어단에 의해서 조종되려 하고 있었다. 

또한, 플라드리는 지우와 개굴닌자에게 관심을 보이고...?

플레어단 사건으로 인해 피해가 확대되어 간다. 

마농과 같이 또치를 구출하기 위해 플라드리 래버러토리로 향한

세레나 앞에 나타난, 강력한 도우미는!? 

그리고, 미르체육관의 탈환을 목표로 하는 시트론은 시트로이드와 같이 프리즘타워에 잠입을 성공하고, 

과학자로서의 포부를 걸고 크세로시키에 도전한다!

시트론과 유리카의 활약으로 인해서, 폭주를 멈춘 지가르데. 

그리고 지우는 드디어 플라드리를 격파한다. 

이것으로 사건해결...이라고 생각한 직후, 플라드리 래버러토리에 있던 거석에 이변이! 

거석이 변형하여 움직이기 시작한 것이다. 

과연 거석이 향하는 곳은? 대위기이던 피카츄들 앞에 나타난 인물은!?

또치를 구하기 위해, 이 세계를 구하기 위해, 

지우와 친구들은 압도적인 힘을 자랑하는 거석에 도전한다. 

지우의 친구들이 길을 열어주고 지우와 알랭은 거석으로 침입, 또치를 구출한다. 

남은 것은 거석을 멈추는 것! 하지만 멈출 기세가 보이지않고... 

이 상태로는 칼로스, 이 세계가 위험하다!! 절체절명의 위기에 전설의 포켓몬이 움직인다!

플레어단 사건도 일단락되고, 조금씩 복구되기 시작한 칼로스지방. 

시트론도 체육관의 복구와 시트로이드의 수리에 매우 바쁘다. 

드디어 미르체육관이 다시 문을 열기 하루 전날, 한 소년이 체육관으로 찾아온다. 

그는 이전에 시트로이드와의 배틀에 도전했지만 패하고, 재도전을 위해 찾아 온 것. 

그의 도전을 받아들일지 망설이는 시트론인데…

차근차근 복구가 진행되는 미르시티. 

세레나는 플레어단 사건으로 지친 사람들의 마음을 달래주기 위해 

트라이포카론의 스페셜 이벤트를 계획한다. 

앞으로의 여행에 대해 고민하고 있던 세레나는 

자신의 퍼포먼스를 보고 웃음짓는 사람들을 보고, 

지우와 포켓몬 배틀을 하게 되면서 결단을 내리게 되는데…

미끄래곤과 헤어지기 위해 습지대로 향하는 지우와 친구들. 

습지대에서 돌아오는 길, 플레어단 사건으로 맹위를 떨친 폭주하는 덩굴과 만난다. 

놀란 지우는 지우개굴닌자의 도움으로 그들을 물리치지만 

난데없이 그곳에 크세로시키가 나타난다! 

그리고 허를 찔린 시트론이 마인드컨트롤을 당하는데…!?

드디어 찾아온 작별의 날, 

지우와 친구들은 공항에서 언젠가 반드시 재회할 것을 맹세한다. 

그러던중 비행기 탑승시간이 다가오고, 데덴네가 도망치고 만다. 

아직 어린 데덴네는 모두와 헤어지는 것이 싫은 듯한데… 

그런 데덴네에게 유리카가 해준 말은?

제르네아스, 이벨타르 그리고 지가르데… 칼로스지방 전설의 포켓몬.

이번에는 칼로스 신화로 전해지는 시대, 전설의 포켓몬의 수수께끼에 다가가는 특별편.

플라타느와 팬지는 칼로스지방에서 최근에 발견된 유적을 방문한다.

유적에서 발견된 석상은 전설의 포켓몬과 얽힌 신화의 수수께끼를 풀 열쇠가 될지도 모른다고 하는데…

미르시티에서 열린 낚시 대회에 참가한 시트론과 유리카는 그곳에서 포켓몬소믈리에 여행자 덴트와 만난다.

프리즘타워에 가고 싶어하는 덴트를 안내하게 된 시트론과 친구들은 덴트의 희망으로 지하철로 이동한다.

그런데 그곳에서 사건이 발생! 무인 시험차량이 유리카를 태운 채로 달려버린다!

시트론&덴트는 과연 어떻게 할지!?