메가진화.

그것은 칼로스지방에 전해 내려오는 포켓몬의 새로운 진화 형태.

과연 메가진화란 모든 포켓몬에게 일어나는 것일까?

이 이야기는 한 청년 트레이너 알랭과 파트너 리자몽을 중심으로 전개된다. 

‘메가진화를 해서 모든 메가진화 포켓몬을 쓰러뜨리고 최강의 자리에 오른다.’ 

바로 그것이 알랭의 여행의 목적이었다.

여행을 하면서 그들은 메가앱솔, 메가한카리아스를 상대로 메가진화 배틀을 펼친다. 

그리고 사천왕 즈미와의 시합. 즈미에게도 메가진화 포켓몬이•••? 

알랭이 메가진화를 고집하는 이유는 대체 무엇일까? 

그리고 이 여행의 목적은 무엇일까?

메가진화… 

펼쳐지는 새로운 이야기.

모험의 무대는 칼로스지방에서 호연지방으로 옮겨간다.

메가진화를 해내기 위해, 그리고 최강의 정점에 오르기 위해 여행을 계속하는 알랭.

호연지방에서 그를 기다리고 있던 것은 새로운 메가진화 포켓몬.

그리고 호연지방의 정점에 군림하는 챔피언 성호였다.

앞길을 가로막는 성호와의 장렬한 메가진화 시합.

격렬한 시합 도중에 갑자기 나타난 수수께끼의 남자.

그리고 호연지방에 잠들어 있는 전설의 거석.

모든 열쇠가 모이자, 메가진화의 수수께끼가 서서히 풀려 간다.

그 근원에 다가가자, 아득한 하늘에서 전설의 포켓몬 레쿠자가 출현!

호연지방을 뒤흔드는 장렬한 싸움의 막이 오른다!!

메가진화를 해내고, 최강의 자리에 오르기 위한 알랭의 여행은 계속된다. 

메가레쿠자와 함께 사라진 전설의 거석의 행방을 쫓는 알랭 일행과 성호. 

갑자기 그들에게 해상에 그란돈이 나타났다는 정보가 들어온다. 

현장으로 가기 위해 서두르는 일행의 앞에 그란돈 뿐만이 아니라 가이오가도 나타나고, 

게다가 하늘에서 레쿠자도 강림하여, 드디어 전설의 3체가 격돌한다! 

과연 호연지방의 미래는!? 알랭 일행은 살아남을 수 있을까!?

최강이 되기 위해 여행하는 알랭. 

더욱 강해지기 위해 알랭은 메가링과 메가스톤을 걸고 메가진화 포켓몬 사용자와 토너먼트에 도전한다. 

배틀에 몰두하는 알랭. 그런 알랭을 걱정하는 마농. 

그리고 마농의 파트너 또치는 정체를 알 수 없는 존재와 만나 큰 위기에 처하는데... 

이야기는 드디어 마지막 장, 충격의 클라이맥스 절대 놓치지 말자!!